La Maestría en Historia se creó con la finalidad de consolidar la formación de investigadores orientados a distintos ámbitos relacionados con el quehacer histórico (investigación, docencia y difusión),  dio inicio con diecisiete alumnos que conformaron la primera promoción en septiembre de 1997, ocho años más tarde, en 2005 ingresó al Padrón Nacional de Posgrado (PNPC).  La Maestría cuenta con redes entre diversas instituciones académicas nacionales y extranjeras.