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Junto con el crecimiento del programa su vinculación también ha crecido, no sólo con el sector académico sino también con el gubernamental y el de la sociedad civil. Ejemplo de ello son los convenios con la Comisión Estatal para el Fortalecimiento Institucional de los Municipios, para la realización del Índice Municipal de Gobernanza Local, con el Gobierno del Estado para la realización de la Encuesta Estatal de Calidad de Políticas Públicas, con la Secretaria de Educación para la realización del Diagnóstico de Necesidades educativas de niños migrantes de retorno, con el Sistema Nacional DIF para la evaluación de los programas sujetos a reglas de operación.


En tiempos más recientes el programa se ha vinculado con la Benemérita Escuela Normal del Estado, para el fortalecimiento académico de los formadores de normalistas. Con el Instituto de la Mujer para colaborar en el tema de políticas de equidad de género en el sector público. Durante 2016 los investigadores se han vinculado directamente en actividades como el Premio Nacional de Gobierno y Gestión Local. En marzo de 2017 se realizó el Seminario Multidisciplinario sobre el tema de la Seguridad Humana. Los alumnos de la MAPPP de la promoción 2016-2018 están realizando movilidades académicas a distintos destinos, tanto nacionales: COLEF Baja California, como internacionales: Universidad de Salamanca. La movilidad de estudiantes ha logrado nuevas vinculaciones, por ejemplo con la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas.
En términos generales, el Programa se vincula con los sectores social y gubernamental para transferir conocimiento básico que informa a los tomadores de decisiones, a los diseñadores de políticas públicas y a los gestores de organizaciones políticas, gubernamentales y sociales, a través de prácticas de intervención y diagnóstico organizacional, evaluaciones de programas de política pública, evaluación de proyectos de programas sociales, elaboración de protocolos para prevención de violencia a las mujeres. A través de esta transferencia de conocimiento básico, el Programa construye conocimiento normalizado susceptible de ser aplicado a casos generales de los diversos sectores de la sociedad.